Sondes & Sélection (FS)
Illustrez comment composer des épisignatures CpG/DMR : cinq méthodes de sélection (Corrélation, ANOVA, RFImp, PCA, Boruta), bibliothèque de signatures, composition et traçabilité — sans upload réel.
Méthodes de FS Bibliothèque & composition Flux de bout en bout
Méthodes de sélection (5)
Chaque méthode accepte un top-k ou un seuil, sauf Boruta (automatique). La sélection s’exécute dans les folds pour éviter les fuites.
Correlation
Rang par |r| avec la cible ; top-k ou seuil minimal.
ANOVA (F-test)
Variance inter-classes maximale ; top-k ou p-value (FDR).
RF Importance
Importance MDI/permutation ; top-k ou seuil d’importance.
PCA
Back-mapping par charges absolues ; top-k ou |loading|.
Boruta
Enveloppe d’arbres avec « shadow » ; accepte/rejette automatiquement.
Garde-fou anti-fuite
Les seuils sont recalculés par fold (CV). Les ensembles finaux sont agrégés avec un score de stabilité.
Bibliothèque & composition
Sélectionnez des jeux intégrés (épisignatures, DMR dérivés, top-k SHAP) et composez-les. Interface ci-dessous purement illustrative.
Les vraies opérations sont disponibles dans l’application, avec versionnage & nommage des sets.
Aperçu d’un résultat (statique)
| CpG | Importance | Annotation |
|---|---|---|
| cg00000029 | 0.014 | KMT2D promoter (GENCODE); TFBS (ReMap) |
| cg02012345 | 0.012 | DMR chr12:…; Orphanet: Kabuki |
| cg09876543 | 0.011 | Enhancer; STRING neighbors of KMT2D |
Instantané de stabilité
Stability ? [0,1] = fraction des bootstraps qui sélectionnent la sonde.